蝇除骚扰人、污染食物和吸血蝇的叮刺吸血外，更重要的是传播多种疾病和引起蝇蛆病。
(1)机械性传播: 非吸血蝇类通过蝇类体内外携带病原体以及蝇类特有的食性，将病原体传播扩散。蝇可传播痢疾、霍乱、伤寒、副伤寒、脊髓灰质炎、肝炎、肠道原虫病、肠道蠕虫 病、结核病、细菌性皮炎、雅司病、沙眼和结膜炎等。吸血蝇类可实验传播脊髓灰质炎、炭疽、螺旋体病以及皮肤利什曼病等。
化学防制 灭蝇常用药物有敌百虫、敌敌畏、溴氰菊酯、氯氰菊酯、二氯苯醚菊酯、残杀威和灭多威等。在蝇孳生场所喷洒杀虫剂杀灭幼虫，在杀虫剂中加入昆虫生长调节剂 (如蚊蝇醚、杀虫隆)可提高灭蝇效果。在成虫栖息场所可用滞留喷洒或空间喷雾，必要时两类或几类药剂混合使用，或合并使用增效剂以取得更好的灭蝇效果。将杀虫剂和家蝇信息素(诱虫烯)放入饵料中诱杀成蝇。
4.生物防制 应用蝇类天敌和致病生物灭蝇，如寄生蜂寄生于蝇蛹。苏云金杆菌H-9的外毒素能杀灭蝇幼虫。
蝇蛆病(myiasis) 是由双翅目昆虫的幼虫对人和脊椎动物活体的侵害。本节仅限蝇类，按临床寄生部位分可为以下类型：
1)皮肤蝇蛆病: 以纹皮蝇和牛皮蝇幼虫所致的病例多。当雌蝇产卵于人的毛发或衣服上，孵出的幼虫钻入皮内，在皮下移动，停留时使该处形成疖样肿块，经几天后再继续移行， 如此反复周期性出现，后向表皮移动并开一小孔，幼虫可从小孔中逸出或被人用手挤出。人感染通常1～2条。侵犯部位以头、胸部多。个别病例幼虫可移行到 深部组织器官如胸腔、腹腔、眼、脑等。由皮蝇所致人体病例在国内已报道250余例，多为1龄幼虫，2、3龄幼虫少见。胃蝇1龄幼虫可钻入人体皮内并移行， 凿成一条曲折的隧道，呈现出血性条纹状匍形疹。在隆起的末端可用针挑出虫体。国内报道由黑角胃蝇、赤尾胃蝇和肠胃蝇致人体皮肤蝇蛆病十余例。分布于美洲的人肤蝇和分布于非洲的嗜人瘤蝇，其幼虫对人的侵害与皮蝇相似，在皮肤的钻入部位形成疖样肿块，但不移行。
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